A község első okleveles említése 1352-ből ismert Koachy, majd 1488-ból Kowachy néven. Neve a foglalkozást jelentő szóból alakult ki. 1488-ban a székesfehérvári prépost birtokolta, helyi állami adója 12 forint volt. 1527-ben a török felégette. A XVI. század második felében két részre válik: a nemesek által birtokolt Kiskovácsi és a jobbágyfalu Nagykovácsi településekre. A mai Pápakovácsi az akkori Nagykovácsival azonos. Urai a XVI. században a helységről nevezett családok. A XVII. században a Somogyi család kezébe került, majd ők az Esterházyakkal osztoztak rajta, mindeközben a régi nemesség még rendelkezett birtokkal a faluban. 1730-ból népesedése lassú ütemben zajlik. Lakosai közül többen foglalkoztak a Bakonyban vadászattal. A községben álló vízimalom hasznának fele a jobbágyközösséget illette. A falu lakossága magyar, jogszolgáltató fóruma a pápai úriszék volt. 1698-ban a falu lakossága református, egy fő katolikus vallású. Temploma a történelmi események következtében rommá vált, csak falai és tornya maradt meg. 1750 körül katolikus anyaegyházat alapítottak a faluban, ennek eredményeként 1785-re már 307 katolikus vallású lakosa volt a falunak. 1787-1793-ig épült fel a régi templom maradványain a barokk római katolikus templom, majd 1771-ben a falu katolikus elemi iskolája. A XVIII. század végén a falu lakosai túlnyomórészt zsellérek, akik a helyi földbirtokosok: a pápai Eszterházyak, a gr. Somogyiak, a Barczák, majd az ezeket felváltó Vallis grófok földjeit művelik. 1910-re 848 lakosúra duzzadt a falu népessége, majd a század 20-as éveiben 106 fővel csökkent. Az I. világháborúban 32, a II. világháborúban 20 fő vesztette életét. 1945-ben a földreform kapcsán a falu megkapta a határ korábbi nagybirtokait. Az első termelőszövetkezet 1953 márciusában alakult, majd többszöri átalakulás, újraalakulás, más szövetkezetekkel való egyesülés után a rendszerváltozásig működött. 1945. január 1-jén a falu kisközség, körjegyzőség székhelye.  1969. június 30-ig önálló tanács és hivatali szervezet működött a helységben, a környező községeket ekkor közigazgatásilag ide csatolták. 1991-ben a körjegyzőségtől levált Ganna és Döbrönte, azóta Kuppal és Nóráppal közösen tart fent közös körjegyzőséget. A falu infrastruktúrája teljes (villany, víz, gáz, szennyvízcsatorna, iskola, óvoda-bölcsőde, orvosi rendelő, posta, szelektív hulladékudvar).

Nevezetes épületek, helyek, emlékek:

-Római katolikus templom. A ma álló római katolikus templomot gr. Eszterházy Károly egri püspök építtette 1787-93 között. Elkészültekor Szent Anna tiszteletére szentelték fel a barokk épületet.

-Református templom.

-Karmelita rendház, Attyapuszta. A kármeliták 1945 és 1950 között remeteséget és lelki gyakorlatos házat építettek kolostorral és Attyakerttel. Ez a kármelhegyi Boldogasszony búcsújáróhelye.

-Egyházi térplasztikák. Az országos műemléki védelmet élvező Nepomuki Szent János szobra a fő utca és a főút találkozásánál áll. Az ugyancsak műemléki Szent Vendel szobor a református templom előtti kis téren található. A falu fő utcáját Szentháromság szobor díszíti, melyet 1914-ben állíttatott a közösség.

-Somogyi kastély. XVIII. században épült barokk stílusban, majd 1816-ban klasszicista stílusban átépítették. Az épület országos műemléki védelem alatt áll. Főépülete jelenleg az általános iskolának ad otthont.

- Az I és II. világháborús emlékmű a templom melletti téren áll, tisztelegve a hősi halottak előtt.

- Testvértelepülési emlékhelyek. A hősi emlékmű mellett kapott helyet a 2000-ben felavatott millenniumi kopjafa, melyet az erdélyi testvértelepülés, Vargyas és a pápakovácsi közösség állíttatott. Különleges látnivaló a falu központi terén az a székely kapu, amit ugyancsak az erdélyi Vargyastól kapott a község. A testvértelepülések közti jó kapcsolat tiszteletére 2007 nyarán avatták fel azt az emléktáblát, melyen a három község: Pápakovácsi, Vargyas és Tannheim neve és címere látható. Az összetartozás jelképeként összefonódó nyírfát is ültettek a tábla mellé.